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A03公募(2014-15) 宗行 英朗

論文等 | 原著論文

2015

Shoichi Toyabe and Eiro Muneyuki,
Single molecule thermodynamics of ATP synthesis by F1-ATPase,
New Journal of Physics 17, 015008/1-7 (2015).

概要: FoF1-ATPaseはほとんどすべての細胞に於いてATPを合成する役割を果たす.その中心となるサブ複合体であるF1モーターは可逆的な化学反応とγサブユニットの回転運動の共役をおこなう.本研究では強い合成方向の外部トルクを印可して,平衡から離れた合成反応が行われる状況でも,モーター内での散逸が非常に低いことを示した. 【沙川 貴大、佐野雅己、佐々真一、佐野研川口、宗行研上野(議論)】

2014

Hiroshi Ueno, Yoshihiro Minagawa, Mayu Hara, Suhaila Rahman, Ichiro Yamato, Eiro Muneyuki, Hiroyuki Noji, Takeshi Murata, *Ryota Iino,
Torque Generation of Enterococcus hirae V-ATPase,
The Journal of Biology Chemistry 289, 31212-31223 (2014).

概要: FoF1-ATP合成酵素と類似した機能を持つVoV1-ATPaseについて大腸菌での発現系を構築して一分子回転観察を行い,V1-ATPaseの回転と比較した.その結果,V1-ATPaseの回転に完結的に見られた不安定な回転はVoV1-ATPaseにおいては見られず,Vo部分の存在が構造全体を安定化していることが示唆された.このVoV1-ATPaseはナトリウムイオンを輸送するものであることから,イオン輸送と回転の共役についての研究の発展が見込まれる. 【宗行英朗(実験の支援と論文のチェック)】

Yasuaki Komuro, Suyong Re, Chigusa Kobayashi, Eiro Muneyuki, and *Yuji Sugita,
CHARMM Force-Fields with Modified Polyphosphate Parameters Allow Stable Simulation of the ATP-Bound Structure of Ca2+-ATPase,
Journal of Chemical Theory and Computation 10, 4133−4142 (2014).

概要: 分子動力学計算で用いるATPの力場をメチル三リン酸に対する量子論的計算にもとづき作成した.この新しいパラメーターをCa-ATPaseを含む5種類の蛋白に結合したATPに用い,それぞれに従来の力場より安定な結果を得た.従来のパラメーターでは伸びた状態が主に見られたが新しいパラメーターでは寄り広い範囲のコンフォメーションのサンプリングができ,PDBに見られる多様なATPの結合状態と符号した.この新しいパラメーターはATPを利用する多くの蛋白の研究に役立つと考えられる. 【宗行英朗(研究の支援)】